湛江红树林保护区已拥有一支素质高、结构合理的科研队伍，其中高级工程师5人，工程师2人，助理工程师5人。建立了实验室和配备必要的科研设备。建设了科研专家楼，为科研合作提供后勤服务。科研基础不断扎实，科研课题有了一定的深度和广度，科研合作和科研成果取得显著成绩，特别是独立开展科研工作的能力有了明显的提高。
----保护区与中山大学、厦门大学、香港城市大学、日本东京大学等国内外21所科研单位和院校建立科研合作关系，成为它们的科研和教学实习基地。据统计，保护区科研合作开展33个科研课题，已在国内外重点科技期刊发表论文30篇。如，与中科院华南植物园合作开展 “无瓣海桑人工林生态系统研究”，成果在《生态工程》（Ecological Engineering）和《植物和土壤》（Plant and Soil）等国际学术刊物上发表；与日本东京大学合作的“红树林主要树种遗传基因研究”的成果已在国外发表。与华南农业大学合作开展“无瓣海桑引种的生态安全评价与资源化利用研究”；与广东海洋大学合作开展“基于海岸动态分析的红树林湿地生态恢复机理研究”； 还有“沿海防护林建设体系研究”、“红树林植物角果木繁育技术研究项目”、“湛江红树林生态系统构建和资源可持续利用的研究项目”等一批科研项目。
----保护区已具备独立开展科研工作的能力。依靠自己技术力量，完成了保护区的资源监测和开展课题研究。如，2009年，保护区组织3名技术人员建立了广东省自然保护区第一套地理信息管理系统；掌握了红树林人工造林一套成熟技术，编制了《红树林人工造林技术规程》；完成了红树林人工造林调查、红树林抗低温能力调查；坚持每年开展亚洲水鸟同步调查；目前，正在开展“困难立地条件下红树林人工造林技术研究”、“红树林人工造林藤壶等污损生物的危害与防治”等课题，发表论文12篇。保护区的“无瓣海桑种苗繁育技术”获得国家专利，实施的“雷州半岛红树林综合管理和海岸保护项目”荣获湛江市科技进步一等奖。